Festsetzungsfrist

[Clematis]

Folgender Fall:
Gesellschafter-Geschäftsführer (zu 50% beteiligt) an einer GmbH.
Eigene StE ist in den Jahren 2000-2003 Antragsveranlagung, da nur Einkünfte bei der GmbH auf Lohnsteuerkarte. Steuererklärungen werden abgegeben:

2000 in 2002
2001 in 2003
2002 in 2005 (wird abgelehnt wg 2-Jahres-Frist in § 46 EStG)
2003 in 2005

In 2007 findet dann bei der GmbH eine BP für die Jahre 2000 - 2003 statt, in der vGA für den Gesellschafter festgestellt werden.

Das FA ändert jetzt, in 2009 die ESt-Bescheide 2000 - 2003 unter Berücksichtigung der vGA. Es ergeben sich Nachzahlungen in nicht unerheblicher Höhe (ausser für 2002, da hier jetzt die Veranlagung erzwungen wurde).

Darf das FA überhaupt noch? Ich stolpere hier permanent über die Festsetzungfrist. Kann man jetzt, in 2009 sagen, dass damals aufgrund der vGA eine Erklärung abzugeben gewesen wäre, daher die Festsetzungsfrist in dem Jahr beginnt, im dem die StE eingereicht wurde, und daher für 2000 und 2001 die Festsetzungsfrist abgelaufen ist?
Und greift hier die Ablaufhemmung nach § 171 (4) AO? Doch nicht, weil das doch nur die GmbH betrifft, oder???